Το εκπαιδευτικό έργο στα Πρότυπα και στα Πειραματικά σχολεία καθοδηγείται από το Επιστημονικό Εποπτικό τους Συμβούλιο (ΕΠΕΣ).
Ο ρόλος του ΕΠΕΣ με βάση τον νόμο που διέπει τη λειτουργία των Π και Π Σ, είναι το όργανο που έχει την παιδαγωγική και επιστημονική ευθύνη του σχολείου και αποφασίζει για μία σειρά από σημαντικά ζητήματα όπως είναι η λειτουργία των ομίλων, οι τροποιοιήσεις αναλυτικού και ωρολογίου προγράμματος, η συμμετοχή σε ερευνητικά προγράμματα και η συνεργασίες με πανεπιπιστήμια και οργανισμούς κλπ.
Πρόεδρος του ΕΠΕΣ του σχολείου μας είναι η κα Ζαχαρούλα Σμυρναίου, επίκουρη καθηγήτρια του Πανεπιστημίου Αθηνών, με αναπληρωτή τον κ. Χατζή Αριστείδη. Μέλη ο κος Στέλιος Μαρκαντωνάκης, Συντονιστής Γαλλικής Γλώσσας, με αναπληρώτρια την κ. Αικατερίνη Γλυνού, Συντονίστρια Μαθηματικών, ο κος Δημήτρης Παλαιογιαννίδης, Μαθηματικός και Διευθυντής του Σχολείου και οι εκπαιδευτικοί του σχολείου Μαρία Μπούμπουκα, Πληροφορικής και Αριστείδης Φαλαγκάρας, Μαθηματικός με αναπληρωτές τον κ. Γιάννη Ξυδάκη, Θεολόγο και την κ. Ευγενία Πάλλα, Εικαστικών.