Το εργαστήριο των Φυσικών Επιστημών του σχολείου μας χρησιμοποιείται συνέχεια για τη διδασκαλία των θετικών μαθημάτων. Διαθέτει τον απαραίτητο εξοπλισμό για τη διεξαγωγή των εργαστηριακών ασκήσεων στα μαθήματα της Βιολογίας, της Φυσικής και της Χημείας, έχει πλήρη ψηφιακή υποδομή και εγκατεστημένα πολλά εκπαιδευτικά λογισμικά σχετικά με τις Φυσικές Επιστήμες τα οποία χρησιμοποιούνται συστηματικά.
Η διαρρύθμιση των θέσεων εργασίας, στο εργαστήριο, προσφέρεται για την εφαρμογή της ομαδοσυνεργατικής μεθόδου διδασκαλίας, η οποία εφαρμόστηκε σε πειραματικό στάδιο και έδωσε πολύ καλά αποτελέσματα.